新生儿应在出生后 24 小时内进行彻底的体检。在父母在场的情况下进行检查可以让他们提出问题，并允许临床医生指出身体检查结果并提供预期指导。还进行常规筛查测试以检测在体检期间无法发现的问题（参见 新生儿筛查试验）。
基本测量包括长度,重量，和头围（也可以看看 新生儿的生长参数）。长度是从冠部到跟部测量的；正常值基于胎龄，应绘制在标准上 成长图。 当胎龄不确定或是婴儿看上去大于胎龄或小于胎龄时，利用体格检查和神经肌肉检查的结果可以更准确计算胎龄 （参见图孕龄评估——新巴拉德评分）。这种方法一般能精确到±2周；然而，在生病的新生儿中，这些方法是不可靠的。
评估胎龄—新Ballard评分
将神经肌肉和体格的评分相加得到总分。(Adapted from Ballard JL, Khoury JC, Wedig K, et al: New Ballard score, expanded to include extremely premature infants. Pediatrics 119(3):417–423, 1991.doi: 10.1016/s0022-3476(05)82056-6; used with permission of the CV Mosby Company.) |
许多临床医生都选择婴儿安静时开始检查心肺，接着进行从头到脚的全身性体格检查，特别是要观察产伤和先天性畸形的体征。
心脏呼吸系统
(参见先天性心血管畸形。)
在婴儿安静时对其心脏和肺脏进行评估。
检查者应该找出心音最强的位置以排除右位心。应检查心率（正常心率为100～160次/分钟）和心律。心律应该是有规律的，尽管由房性早搏或心室收缩引起的不规则节律并不少见。在最初 24 小时内听到的杂音最常见的原因是 动脉导管未闭。 应每天随访心脏检查以确认该杂音消失，通常是在3天以内消失。
检查股动脉搏动时，应与手臂动脉的搏动相比较。若股动脉搏动微弱或延迟，可能存在主动脉缩窄或左心室流出道梗阻。中央型发绀提示有先天性心脏病、肺部疾病或败血症。
由于新生儿的呼吸节律呈不规则，检查呼吸频率的时间一定要超过1分钟，正常为40～60次/分。胸壁和整个胸部呼吸音应对称。呼噜音、鼻翼扇动、三凹征提示有呼吸窘迫。
头和颈
头位产者可见头部变形、颅缝重叠和头皮水肿及瘀斑（产瘤）。臀产位者通常无头部变形，先露部位（例如，臀、生殖器或足）可有水肿和瘀斑。囟门的直径从指尖宽度到几厘米不等。较大的前囟和任何大于指尖宽度的后囟都可能是 甲状腺功能减退的标志。
头颅血肿 是一个常见的发现；血液在骨膜和骨骼之间积聚，产生不穿过缝合线的肿胀。它可能发生在一侧或两侧顶骨上，偶尔发生在枕骨上。头颅血肿通常在出生后最初几小时出现，头皮水肿消退前并不明显，血肿几个月内将逐渐消失。
应观察头的大小和形状，以检查新生儿是否有先天性脑积水。
大量的遗传性综合征会引起颅面异常。需要检查面部的对称性和正常发育，尤其是下颚，上颚，耳廓和外耳道。
大量由于生产过程引起眼睑周围的水肿，因此在出生后第2天进行眼睛的检查可能较容易。应检查眼睛的红光反射，阴性提示有青光眼、白内障或视网膜母细胞瘤等。常见结膜下出血，通常是由于生产过程中的外力损伤所致。
耳位低常提示有遗传性疾病，包括18-三体综合征和21-三体综合征（唐氏综合征）。畸形的耳朵、外耳道或两者都可能出现在许多遗传综合征中。临床医生应该寻找外 耳坑或耳标，它们有时与听力损失和肾脏异常有关。
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临床医生应检查和触诊上颚以检查软腭或硬腭缺损。口唇裂 属于最常见的先天性缺陷。一些新生儿出生时就有牙龈肿痛（牙龈的良性错构瘤），如果牙龈肿大，会导致喂养困难并可能阻塞气道。它可以被切除并且不会复发。也有新生儿出生时即有乳牙或诞生牙。诞生牙没有牙根，需要将其拔除，以防其脱落并被吸入气道。口腔壁上也可能出现一种被称为爱泼斯坦小节的包囊。
腹部和骨盆
腹部应该是圆形对称的。舟状腹提示可能存在膈疝，胎儿在宫内时，肠管即由此移位到胸腔，有时可引起肺脏发育不良和出生后呼吸窘迫。不对称的腹部表明腹部肿块。
大约 30% 的新生儿可触及脾边缘。 脾肿大（脾边缘可触及 > 左肋缘下 > 2 cm）提示先天性感染或溶血性贫血。
肾脏可触及深部触诊；左边比右边更容易被触摸。 肾脏增大可能提示梗阻、肿瘤或囊性疾病。
正常情况下，肝脏在肋缘下1～2cm处可触及。由于脐周围肌肉系统薄弱，脐疝很常见，但很少引起症状或需要治疗。临床医生需要检查明确肛门的位置正常，并且是开放的。
男婴还应该检查阴茎以确定有无尿道下裂或尿道上裂。足月男婴的睾丸应在阴囊内，阴囊的肿块常提示有鞘膜积液、腹股沟疝，或是较少见的睾丸扭转（见隐睾症）。阴囊肿胀可能意味着鞘膜积液、腹股沟疝，或者更罕见的睾丸扭转。对于鞘膜积液，阴囊透照。扭转是一种外科急症，会导致瘀斑和僵硬。
足月女婴阴唇很突出。阴道粘液和血清血性分泌物（假性）正常；它们是由于在子宫内接触母体激素和出生时戒断所致。阴唇系带后可见一小肿物，认为是母亲激素刺激所致，几周后即消失。
不明确的生殖器（双性人）可能表明几种不常见的疾病（例如， 先天性肾上腺增生; 5-alpha-还原酶缺乏症; 克氏综合征, 特纳综合征，或 Swyer 综合征）。建议转诊给内分泌学家进行评估，与家人讨论立即与延迟性别分配的好处和风险。
肌肉骨科系统
四肢检查需要关注的是畸形，截肢（不完全截肢或肢体缺失），挛缩和发育不良。因产伤而引起的臂丛神经麻痹可能会表现为受影响侧的手臂运动受限或无法自发运动，有时肩膀的内收和内旋，以及前臂的内转也会受到影响。
脊柱检查应关注脊柱裂，尤其是脑膜或脊髓暴露，或是二者同时暴露（脊髓脊膜膨出）。
肌肉骨骼系统检查包括触诊长骨视有无产伤（尤其是锁骨），但主要是检查有无髋关节脱位。髋关节脱位的高危因素包括女性、宫内臀位、双胞胎和家族史。Barlow操作和Ortolani操作用于检查髋发育不良。这些动作必须在新生儿安静时进行。两者的起始位置相同：新生儿仰卧，臀部和膝盖弯曲至 90 度° （脚将离开床），脚面向临床医生，临床医生将食指放在大转子上，拇指放在小转子上。
对于Barlow操作而言，临床医生在将股骨向后推的过程中，内收髋（例如，拉动踝部跨过身体）。听不到但能感觉到的撞击声，表明股骨头已移出髋臼；接着进行Ortolani手法复位并且确认诊断。
对儿Ortolani操作而言，髋回到起始的位置；而接着正在接受检查的髋就处于外展位了（例如，踝部移开中线位置，面向检查台面，进入到一个蛙腿位），并轻轻向前推动。脱位的股骨头滑入髋臼时可摸及“弹响声”，是先天性髋关节脱位的主要体征。
该手法用在>3月龄的婴儿时，可能出现假阴性，因为这个时候的婴儿臀部肌肉和韧带都更加结实了。 如果检查可疑，或是婴儿是处于高危人群（例如，臀位女婴），在4～6周内必须进行髋关节超声检查，有些专家建议应该在4～6周内，对所有的有高危因素的婴儿进行髋关节超声普查。
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神经系统
神经系统的检查包括新生儿的声调、警觉度、四肢运动和反射。应引出拥抱反射、吸吮反射和觅食反射。
拥抱反射：是将两只手臂轻轻地提离床面，然后突然放开，这是测试新生儿受惊后的反应。正常的反应是新生儿把手伸长并且手指张开，屈髋，啼哭。
觅食反射：触碰脸颊或口角，新生儿出现把头转向触碰方向，并张口的动作。
吸吮反射：可以用假乳头或带了手套的手指来试验。
以上这些反射都是外周神经系统的正常表现，在出生后数月将自然消失。
皮肤
皮肤通常是红润的，但在出生后最初的几小时常出现手足发绀。在妊娠>24周以后，新生儿体表大多覆盖一层胎脂。几天后发生干燥、蜕皮，尤其是足踝和手腕的皱褶处。
胎记可能发生在分娩过程中受到创伤的部位，如面部作为呈现部分时；然而，新生儿弥漫性瘀点应评估血小板减少。
许多新生儿有毒性红斑，一种带有红斑基底和白色或黄色丘疹的良性皮疹。这种皮疹通常在出生后 24 小时出现，散布在全身，可持续长达 2 周。
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