细菌是具有环状双链DNA和（除支原体以外）细胞壁的微生物。大多数细菌生活在细胞外，但有些细菌优先在细胞内生存和复制。专性细胞内病原体只能在宿主细胞内生长、繁殖和引起疾病。这些病原体的例子包括衣原体、嗜衣原体种和立克次体。兼性细胞内病原体能够在宿主细胞内外生存和繁殖。这些病原体的例子包括 伤寒沙门氏菌、布鲁氏菌种、土拉弗朗西斯菌、淋球菌、脑膜炎奈瑟菌、军团菌、李斯特菌种和结核分枝杆菌。
许多细菌作为正常菌群存在于人体内，通常数量大，且在体内许多部位存在（如在胃肠道和皮肤）。其中仅小部分是人类的致病菌。
可以根据以下标准将细菌进行分类（参考表常见病原菌的分类）。
形态学
染色
包膜
需氧性
形态学
细菌可能是
圆柱形（杆菌）
球状（球菌）
螺旋（螺旋体）
少数球菌、部分杆菌以及大部分螺旋体是能动的。
染色
鉴别普通细菌最常用的染色法为革兰染色。革兰阳性菌在经过碘固定、乙醇脱色和番红复染后能保留紫色的染料结晶（表现为深蓝色），革兰阴性菌则不能保留紫色结晶，呈现红色。革兰阴性菌多一层含脂多糖（内毒素）的外膜，这使得这类细菌的毒力增加。（其他增强细菌的致病性的因素见促进微生物入侵的因素）。
抗酸染色和金永染色是耐酸染色，主要用于鉴定分枝杆菌，尤其是M. tuberculosis结核分枝杆菌。他们还可以识别革兰氏阳性杆菌 诺卡氏菌 和原生动物 隐孢子虫, 环孢菌， 和 胞质异孢菌。 石炭酸复红试剂初染，之后用盐酸和乙醇进行脱色，并且用亚甲基蓝进行复染色。
荧光染料的染色法（例如，金胺 - 罗丹明）也可鉴定抗酸染色的生物体，但此染色法需要特殊的荧光显微镜。
包膜
一些细菌由荚膜包围，对于一些有荚膜的细菌（如， Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae），夹膜的存在可阻止吞噬细胞对细菌的吞噬。包膜增加了细菌的毒力。
需氧性
需氧菌 （专性需氧）在培养基中生长和产能需要氧气。它们利用细胞有氧呼吸作用产生能量。
厌氧菌（专性厌氧）则不需要氧气，在有空气存在的培养基中无法生长。它们通过发酵或者无氧呼吸来产生能量。厌氧菌通常位于胃肠道内、阴道内、牙缝中以及血供受损的慢性伤口内。
兼性菌可以在有氧或无氧的环境中生长。它们在缺乏氧气时通过发酵或无氧呼吸产生能量，而在有氧的情况下通过有氧细胞呼吸作用产生能量。 微量需氧菌更适合在减少氧浓度的环境下（如2%～10%）生存。
衣原体是专性胞内寄生菌，从宿主细胞中获得能量，自身并不产生能量。
