细菌是具有环状双链 DNA 的（除了 链霉菌属 种）和细胞壁（支原体种除外）的微生物。大多数细菌生活在细胞外，但有些细菌优先在细胞内生存和复制。
专性细胞内病原体只能在宿主细胞内生长、繁殖和引起疾病。这些病原体的例子包括 衣原体 和 立克次体。
兼性细胞内病原体能够在宿主细胞内外生存和繁殖。这些病原体的例子包括 伤寒沙门氏菌、布鲁氏菌种、土拉弗朗西斯菌、淋球菌、脑膜炎奈瑟菌、军团菌、李斯特菌种和结核分枝杆菌。
许多细菌作为正常菌群存在于人体内，通常数量大，且在体内许多部位存在（如在胃肠道和皮肤）。其中仅小部分是人类的致病菌。
可以根据以下标准将细菌进行分类（参考表常见病原菌的分类）。
形态学
染色
包膜
需氧性
形态学
细菌可能是
圆柱形（杆菌）
球状（球菌）
螺旋（螺旋体）
少数球菌、部分杆菌以及大部分螺旋体是能动的。
染色
鉴别普通细菌最常用的染色法为革兰染色。革兰阳性菌在经过碘固定、乙醇脱色和番红复染后能保留紫色的染料结晶（表现为深蓝色），革兰阴性菌则不能保留紫色结晶，呈现红色。革兰阴性菌多一层含脂多糖（内毒素）的外膜，增加了这些细菌的毒力和抗生素耐药性。（其他增强细菌的致病性的因素见促进微生物入侵的因素）。
抗酸染色和金永染色是耐酸染色，主要用于鉴定分枝杆菌，尤其是M. tuberculosis结核分枝杆菌。他们还可以识别革兰氏阳性杆菌 诺卡氏菌 和原生动物 隐孢子虫, 环孢菌和 胞质异孢菌。石炭酸复红试剂初染，之后用盐酸和乙醇进行脱色，并且用亚甲基蓝进行复染色。
荧光染料的染色法（例如，金胺 - 罗丹明）也可鉴定抗酸染色的生物体，但此染色法需要特殊的荧光显微镜。
（也可以看看 显微镜。
包膜
一些细菌由荚膜包围，对于一些有荚膜的细菌（如， Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae），夹膜的存在可阻止吞噬细胞对细菌的吞噬。包膜增加了细菌的毒力。
需氧性
需氧菌 （专性需氧）在培养基中生长和产能需要氧气。它们利用细胞有氧呼吸作用产生能量。
厌氧菌（专性厌氧）则不需要氧气，在有空气存在的培养基中无法生长。它们通过发酵或者无氧呼吸来产生能量。厌氧菌通常位于胃肠道内、阴道内、牙缝中以及血供受损的慢性伤口内。
兼性菌可以在有氧或无氧的环境中生长。它们在缺乏氧气时通过发酵或无氧呼吸产生能量，而在有氧的情况下通过有氧细胞呼吸作用产生能量。 微量需氧菌更适合在减少氧浓度的环境下（如2%～10%）生存。
微需氧细菌可以在氧气缺乏的环境中生长。例子包括 Campylobacter 物种和 Helicobacter pylori。
专性细胞内寄生虫， 例如衣原体，从宿主细胞获取能量，而不是自己产生能量。
常见致病菌的分类
类型 | 细菌 |
|---|---|
专性需氧 | |
革兰阴性球菌 | |
革兰阳性杆菌 | Corynebacterium jeikeium |
抗酸杆菌 | Mycobacterium avium 复合群, M. kansasii, M. leprae, M. tuberculosis Nocardia奴卡菌 |
非发酵革兰氏阴性杆菌，非肠杆菌目（原肠杆菌科） | Acinetobacter calcoaceticus 伊丽莎白王国脑膜炎 （旧称脑膜败血性黄杆菌） 铜绿假单胞菌,* 产碱假单胞菌, 其他 假单胞菌种类 Stenotrophomonas maltophilia |
营养要求高的革兰阴性球杆菌和杆菌 | 鲍特氏菌属物种 弗朗西斯菌属物种 军团菌属 |
螺旋体科（螺旋菌） | |
专性厌氧 | |
脆弱拟杆菌，其他 拟杆菌物种 Fusobacterium梭形杆菌属 普雷沃菌物种 | |
革兰阴性球菌 | Veillonella属 |
革兰阳性球菌 | Peptococcus niger |
无芽胞产生的革兰阳性杆菌 | 放线菌属物种 双歧杆菌物种 真杆菌属物种 丙酸杆菌（Cutibacterium）（原Propionibacterium） 物种 |
产生内生孢子的革兰阳性杆菌 | |
兼性厌氧 | |
革兰阳性球菌，过氧化氢酶阳性 | 金黄色葡萄球菌（凝固酶阳性），表皮葡萄球菌（凝固酶阴性），其他凝固酶阴性的葡萄球菌 |
革兰阳性球菌，过氧化氢酶阴性 | Enterococcus faecalis, E. faecium 无乳链球菌 (B组链球菌)、牛链球菌、肺炎链球菌, 化脓性链球菌 (A组链球菌)、草绿色链球菌(变形链球菌, 缓症链球菌、唾液链球菌、血链球菌)、咽峡炎链球菌群 (咽峡炎链球菌、米勒链球菌、星座链球菌) Gemella morbillorum |
革兰阳性杆菌 | Erysipelothrix rhusiopathiae 加德纳阴道菌 （革兰氏染色不定） |
肠杆菌(柠檬酸杆菌种，肠杆菌种、大肠杆菌、克雷白氏杆菌种、摩根菌、 变形杆菌种、志贺邻单胞菌、 威登斯菌、伤寒沙门氏菌、其他沙门氏菌种、黏质沙雷菌、志贺菌种、肠结肠炎耶尔森菌、鼠疫耶氏菌) | |
发酵性非肠杆菌科 | Aeromonas hydrophila Chromobacterium violaceum Pasteurella multocida |
营养要求高的革兰阴性球杆菌和杆菌 | 放线菌聚集杆菌 (前称放线杆菌)放线菌 Eikenella corrodens 嗜血杆菌流感， 其他嗜血杆菌物种 |
支原体属 | |
微需氧 | |
弯曲杆菌 | Campylobacter jejuni Vibrio cholerae, V. vulnificus |
螺旋体科（螺旋菌） | Treponema pallidum梅毒螺旋体 |
专性胞内寄生的 | |
衣原体科 | Chlamydia trachomatis, C. psittaci, Chlamydophila pneumoniae |
柯克斯体科 | Coxiella burnetii贝氏柯克斯体 |
Rickettsia prowazekii, R. rickettsii, R. typhi Anaplasma phagocytophilum | |
* 尽管这些细菌通常被认为是专性需氧菌，但通过使用亚硝酸盐作为另一种电子受体，它们能够在没有氧气的情况下生长。 | |
