新生儿通常在出生后最初 24 小时内接受医疗保健专业人员的全面体格检查。
检查从一系列测量开始，包括体重、身长和头围。新生儿出生时的平均体重是 7 磅（3.2 公斤），平均身长是 20 英寸（51 厘米），但出生时的体重和身长正常范围较广。然后医生会检查新生儿的皮肤、头与颈部、心脏和肺以及腹部和生殖器，并评估新生儿的神经系统和反射。医生还会定期进行筛查检测，以发现他们在体检期间未能观察到的问题。
皮肤
医生会检查皮肤并注意皮肤颜色。新生儿的皮肤通常是红润的，但手指和脚趾在出生后最初几小时内通常会因血液循环欠佳而略带蓝色。有时，分娩过程中受到用力挤压的身体部位会出现微小的红紫色斑点（称为瘀点）。然而，身体所有部位均出现瘀点可能是某种疾病的体征，并需要由医生评估。几天内通常会出现皮肤干燥和脱皮，尤其是在腕部和踝部褶皱处。
很多新生儿在出生后约 24 小时出现皮疹。这种皮疹（称为中毒性红斑）呈现为扁平、红色的斑点，中间通常有白色、丘疹样隆起。该皮疹无害，会在 7 至 14 天内消失。
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头和颈
（另见面部、骨骼、关节和肌肉的出生缺陷。）
医疗保健专业人员检查新生儿的头部、面部和颈部有无异常。一些异常发生于分娩过程中。其他异常可能是由出生缺陷引起。
以正常头部先出来的方式分娩后，婴儿的头部可能在几天内有少许变形（从某侧看可能呈圆锥形或扁平）。构成颅骨的骨头会部分重叠，从而使头部能够被压缩以便于分娩。通常会出现一些头皮水肿和挫伤。有时其中一块颅骨及骨膜下出血会使头部出现小的肿块，该肿块在数月后才会消失（称为头颅血肿）。
如果分娩时婴儿的臀部、生殖器或脚先露（臀位分娩），则头部通常不会变形。但是，臀部、生殖器或脚可能会肿胀并出现瘀伤。当婴儿处于臀位时，医生通常建议剖腹产或剖宫产（通过孕妇的腹部和子宫切口对婴儿进行手术分娩），而不是进行阴道分娩，以最大程度地降低对婴儿的危害。
阴道分娩时的压力可能会挫伤新生儿面部。此外，产道的挤压可能使脸部显得不对称。极少数情况下，这种不对称是由于支配面部肌肉的某一神经在生产过程中受损所致。以后的几周会逐渐恢复。
分娩过程也可能导致新生儿的眼睛中形成结膜下出血（眼表面血管破裂）。这类出血是常见现象，无需治疗，通常在 2 周内消失。
医生会检查耳朵，观察其形状是否恰当以及位置是否正确。例如，低位耳或耳朵形状不正确可能意味着新生儿患有遗传性疾病和／或听力丧失。
医生还会检查口腔是否存在问题。在罕见情况下，新生儿天生有牙齿，可能需要将其拔除，或者有唇裂或腭裂。医生查看新生儿是否有牙龈瘤（齿龈非癌性赘生物），因为这些赘生物可能引起喂养问题，并可能阻塞气道。
检查颈部是否存在肿胀、赘生物、扭曲或痉挛问题。
心脏和肺
腹部和生殖器
（另见消化道的出生缺陷和泌尿道和生殖器的出生缺陷。）
检查新生儿腹部的形状和尺寸，并且检查内脏器官，如肾脏、肝脏和脾脏的大小、形状和位置。肾脏肿大可能提示尿路梗阻。
检查生殖器以确保尿道（排尿时尿液从膀胱排出的管道）是开放的，并且处于适当的位置。检查生殖器，看是否能明确分辨为男性或女性。男婴的睾丸应该在阴囊里面。女婴因为母亲的激素作用，阴唇明显，而且在生后的几周内会是水肿的。婴儿阴道中含有血液和粘液的分泌物是正常的。极少数情况下，从新生儿的生殖器不能明确分辨男性或女性（两性生殖器），需要进一步评估。
检查肛门，以确保开口位置正常且未封闭。
神经系统
（另见脑和脊髓的出生缺陷。）
观察新生儿的意识水平、肌张力及四肢的活动能力是否一致。活动能力不一致可能是神经异常（如神经麻痹）的体征。
采用各种动作检测新生儿的反射。新生儿最重要的反射包括拥抱反射、觅食反射和吸吮反射等。
肌肉和骨骼
（另见面部、骨骼、关节和肌肉的出生缺陷。）
检查新生儿的胳膊、腿及髋关节的灵活性和活动度，以查看分娩过程中是否造成髋关节脱位或骨折（锁骨是分娩期间最常折断的骨头，通常在几周内完全愈合）。检查所有四肢和关节有无肢体畸形或缺失。
检查脊柱是否有缺陷或畸形（例如脊柱裂）。
