甲氧苄啶可作为一种单独药物或与磺胺甲噁唑（一种磺胺类抗生素）合并使用。药物可协同阻止细菌叶酸代谢一系列步骤。
甲氧苄啶抑制二氢叶酸还原为四氢叶酸。
磺胺甲噁唑抑制p-氨基苯甲酸（PMBA）转换为二氢叶酸。
这种协同具有最大的抗菌活性，故是杀菌剂。
甲氧苄啶/磺胺甲噁唑（TMP-SMX）是两种药物按1：5比例组成的复合制剂（80mgTMP 加400mgSMX或160mgTMP加800mgSMX双倍增强片剂）。
药动学
两种药物口服吸收好，通过尿液排泄。 在血浆中半衰期为11小时，易渗入组织和体液，包括脑脊液。TMP聚集在前列腺组织。
TMP/SMX适应症
TMP 和 TMP/SMX 对
广谱革兰氏阳性菌（包括一些耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌）
多数革兰阴性菌
原生动物：Cystoisospora 和 Cyclospora属
该 组合 对以下病原体无活性
肠球菌、许多肠杆菌（以前称为肠杆菌科）和许多 肺炎链球菌菌株具有抗药性。TMP/SMX对A组链球菌性咽炎没有临床疗效，也不能预防风湿热等后遗症。
单独的TMP 使用频率较低，但可用于
慢性细菌性前列腺炎
TMP单独用于治疗和预防对磺胺药物过敏的尿路感染患者。
TMP 和 SMX 的禁忌症
对TMP/SMX药物组合中的任何一种过敏者禁用。
相对禁忌证还包括叶酸缺乏，肝功能异常，肾功能不全。
在妊娠和哺乳期间使用
用TMP/SMX进行的动物繁殖研究显示出某些风险（例如出生缺陷）。与人类怀孕有关的数据不足。然而，在妊娠早期(因为神经管缺陷是一种风险)和临近分娩前应避免使用TMP/SMX。如果在怀孕期间或新生儿中使用TMP/SMX，会增加血液中非结合胆红素的血药浓度，增加了胎儿或新生儿发生核黄疸的风险。如果在妊娠早期无法避免使用TMP/SMX，则必须补充叶酸（4mg/d）。
磺胺药能进入乳汁，故哺乳期通常不建议使用。
TMP/SMX的不良反应
TMP/SMX的不良反应包括
这些与磺胺药相关
叶酸缺乏
高钾血症
肾功能不全
有潜在肾功能不全的患者发生肾衰竭风险仅次于间质性肾炎或肾小管坏死。TMP也能竞争性抑制肾小管肌酐分泌，虽然肾小球滤过率未改变，但造成假性血肌酐上升。原先有肾功能不全的患者更有可能血肌酐升高，尤其在糖尿病患者中。
大多数不良反应与磺胺药的相同。TMP引起和SMX完全相同的不良反应，但通常较少。恶心、呕吐和皮疹等不良反应经常发生。AIDS患者有较高的不良反应发生率，尤其发热、皮疹和中性粒细胞减少。
叶酸缺乏也会出现（导致大红细胞性贫血）。有时因长期使用TMP-SMX而出现的大红细胞性贫血、粒细胞减少症、血小板减少症，。
TMP 可以减少肾小管钾的排泄，导致潜在的危及生命的 高钾血症。
罕见，会出现严重的肝坏死。该药物也可能引起类似无菌性脑膜炎。
TMP 和 SMX 的剂量注意事项
TMP-SMX可以提高法华令活性和苯妥英、甲氨蝶呤、利福平血浆水平。SMX能增加磺脲药物低血糖副作用。
