培养是指微生物在一种有营养的固体或液体培养基上面或里面生长，使得微生物的数量增加从而更利于鉴定。培养也可以更加容易进行抗微生物制剂敏感性试验。
临床和实验室进行交流是必要的。虽然大多数标本都接种于普通培养基上（如血琼脂或巧克力琼脂），但是一些病原菌的培养需要含特殊营养成分和抑制剂（见表分离普通细菌的选择培养基）或需要其他特殊的孵育条件（如特定的温度、氧气或二氧化碳浓度或持续时间）。如果怀疑是其中一种需要复杂营养的挑剔病原体，或者患者一直在服用抗菌药物，则应建议实验室检测。告知实验室标本的来源有利于实验室根据特殊部位常见的菌群区分病原菌。
分离常见细菌所选用的培养基
病原体 | 首选培养基 |
|---|---|
Bacteroides杆菌属 | 卡那霉素-万古霉素血琼脂 |
Bacteroides fragilis | 拟杆菌属七叶苷（含有庆大霉素和胆汁） |
Bordetella pertussis百日咳杆菌 | 博代-让古琼脂加甲氧西林或头孢氨苄 Regan-Lowe头孢氨苄琼脂 马血-炭琼脂 |
Burkholderia cepacia洋葱伯克霍尔德菌 | Burkholderia cepacia洋葱伯克霍尔德菌琼脂 |
空肠弯曲菌或大肠弯曲菌C. coli | 弯曲菌-选择琼脂（如，头孢哌酮-万古霉素琼脂） |
Tinsdale琼脂 胱氨酸-亚碲酸盐血琼脂 吕弗勒凝结血清法 | |
Escherichia coli大肠埃希菌肠出血性（有志贺毒素产生的，包括O157-H7） | 麦康凯山梨醇琼脂 |
Francisella tularensis兔拉弗朗西丝菌 | 血-或巧克力-胱氨酸琼脂 |
军团菌属 | 缓冲炭酵母浸出物琼脂 |
Leptospira钩体属 | 含有兔血清的Fletcher或Stuart培养基或含有Leptospira 清蛋白吐温80的钩端螺旋体培养基 |
改良的Thayer-Martin琼脂 New York City琼脂 | |
Salmonella 和 Shigella 属 | 可生长在标准的麦康基或伊红-美蓝培养基上。 可选择：Hektoen或木糖-赖氨酸-脱氧胆酸盐培养基，Salmonella-Shigella琼脂，革兰阴性或富含亚硒酸盐的肉汤 |
弧菌属 | 硫代硫酸盐-柠檬酸盐-胆汁盐蔗糖 |
Cefsulodin-氯苯酚-新生霉素琼脂 |
标本采集
标本的采集非常重要。在感染性疾病的诊断中，在感染部位采集标本是主要原则。对于皮肤病变，应该对前缘进行采样，而不是中心进行采样。
拭子的使用令人气馁。然而，如果需要使用一个拭子，植绒拭子应该被优先选，因为它可以获取更多的标本。用于分子学检测方法的拭子必须与它们所用的特定检测方法相匹配。选择错误类型的拭子可产生假阴性。木制杆状拭子对某些病毒有害。棉签对于包括衣原体在内的一些细菌是有毒的。
血培养 标本采集时需要对皮肤进行清洁和消毒（如聚维酮碘药签消毒、干燥，再用70%的乙醇脱碘）。常常需要从多个不同的部位留取多份样本，如果可能应该在发热达到高峰时留取标本。仅仅在一份血样本中有皮肤常见菌群生长说明是污染造成的。
如果一份血液样本是从深部留置管获得，那么也应该再留取一份外周血管血液标本，这样有助于区分是全身性的菌血症还是导管相关性感染。来自感染导管中的标本培养结果与同时来自外周血管的血标本培养结果相比较，通常阳性结果出现较快，并且包含有较多种微生物。 部分真菌，特别是霉菌（如Aspergillus 类），通常不能通过血培养获得。
为了尽量限制可能造成污染的正常菌群的生长，样本必须以最快的速度接种于适宜的培养基中。为了精准确定病原体的数量，应尽量防止其他病原体的生长；应该立即将样本运送至实验室，若可能耽误接种，则可先将样本进行冷冻（在多数情况下）。
对培养的特殊考虑
某些病原培养需要特殊的条件。
厌氧菌不应该从正常菌群的部位留取样本进行培养，因为不可能做到从正常菌群中区分出病原菌。样本必须隔绝空气，做到该点颇为困难。对于用拭子采集的样本，可以利用厌氧培养基运送。 然而，对于厌氧菌的培养，液体标本（如脓肿内容物）优于拭子标本。液体标本应该用排空空气的注射器收集（以尽可能减少标本与氧气的接触），装在注射器（去除针头并盖好针帽）或转移至厌氧菌瓶中送到实验室。
分枝杆菌属培养有相当困难。 含有正常菌群的样本必须首先进行去污和浓缩。Mycobacterium tuberculosis结核分枝杆菌和一些其他的分枝杆菌生长缓慢。结核分枝杆菌 M. tuberculosis 通常在液体培养基中生长的速度在比在固体培养基中快;常规使用含液体培养基的自动化系统可能在2周内的生长，≥在固体培养基上（如Lowenstein-Jensen琼脂）的4周培养时间。此外，在样本中可能只含有极微量的微生物。同一部位留取多份样本有助于最大限度获得阳性结果。在将标本丢弃前应该给予8周时间进行培养。导致布鲁氏溃疡的溃疡分枝杆菌需要在32°C的罗氏琼脂上培养12周。若怀疑为非常见的分枝杆菌，事先应该告知实验室。
病毒通常将来自拭子和组织的标本接种于含有抗细菌和抗真菌物质的培养基中培养。将标本接种于组织培养物上，该培养物支持可疑的病毒生长而抑制所有其他微生物生长。 病毒（如水痘带状疱疹）具有高度的不稳定性，应该在采集后1小时内接种于组织培养物上。标准的组织培养是最敏感的。贝壳瓶培养技术（标本在小瓶内离心到单层细胞上）提供了更快的结果（2天对比7~14天）。一些常见病毒无法使用常规培养方法检测到，需要其他诊断方法（见表某些病毒病原体的诊断测试），如下所示：
必须将真菌样本接种于含有抗细菌物质的培养基上。在被视为阴性并丢弃之前，应允许样本生长3至4周。
