宿主防御机制

皮肤通常能阻止微生物入侵，除非发生破损（例如，节肢动物咬伤、外伤、静脉置管或手术切口）。支持诊断的依据包括：

• 人乳头状瘤病毒可以侵入正常皮肤，引起疣

• 一些寄生虫（例如， , 粪类圆线虫, 那些导致 钩虫感染)

许多粘膜都浸泡在具有抗菌特性的分泌物中。例如，宫颈粘液、前列腺液和泪液中含有溶菌酶，它会分裂细菌细胞壁中的胞壁酸键，特别是在革兰氏阳性菌中；革兰氏阴性菌在其外膜受到脂多糖的保护。

局部分泌物还包括免疫球蛋白，主要是IgG和分泌型IgA，能阻止微生物攻击宿主细胞；以及结合铁的蛋白质，对许多微生物来说都是必不可少的。

呼吸道拥有上气道滤器。如果侵袭性微生物到达支气管树，纤毛上皮会将其从肺脏转运出去。咳嗽也有助于清除病原体。如果微生物达到肺泡，肺泡巨噬细胞和组织细胞会将其吞噬。 然而，防御功能可以被大量病原体攻克，也可因空气污染（如香烟烟雾）、保护机制受到干扰（如气管内插管、气管切开）或先天缺陷（如囊性纤维化）而失效。

胃肠道屏障包括酸性胃液和胰酶、胆汁、肠液的抗菌活性。

蠕动和肠上皮细胞正常脱落能清除微生物。如果蠕动减缓（如由于颠茄或阿片碱的作用），这种清除延迟从而促进一些感染，如症状性志贺氏菌病和艰难梭菌性结肠炎。

受损的胃肠道防御机制可能使患者易患特定感染（例如，胃酸缺乏易患 沙门氏菌, 弯曲杆菌， 和 艰难梭菌 感染）。

正常肠道菌群能抑制病原体，使用抗生素导致菌群移位后可导致固有病原体过度生长（如，鼠伤寒沙门氏菌），艰难梭菌的过度生长和毒素形成，或与一般共生微生物(如白色念珠菌）引起的重复感染。

泌尿道屏障包括男性较长的尿道（20cm），女性阴道的酸性环境，肾盂相对高渗的状态和尿液尿素浓度。

肾脏还生产和分泌大量的Tamm-Horsfall黏膜蛋白能够与特定细菌结合，促进细菌无害地排出。