人类白细胞抗原（HLA）系统（人类主要组织相容性复合物[MHC]是免疫系统重要组成部分），其对应的基因位于6号染色体。这些基因负责编码细胞表面的专职抗原肽递呈分子，它们能将抗原肽递呈给T细胞表面的T细胞受体（T-cell receptor，TCR）。（参见免疫系统概述。）
用于呈递抗原的MHC分子主要分成两类：
MHC I类分子
MHC II类分子
MHC Ⅰ类分子以跨膜糖蛋白的形式表达于所有有核细胞表面。完整的MHCI类分子由一个alpha重链和两个beta2微球蛋白组成。重链包含2个多肽结合域、一个类免疫球蛋白（Ig）结构域和一个带有胞浆尾部的跨膜段。编码Ⅰ类分子重链的基因位于HLA-A，-B和-C位点。表达CD8分子的T细胞与MHC I类分子发生反应。这些T细胞通常具有细胞毒性功能，这就要求它们能够识别任何受感染的细胞。由于所有有核细胞表面均表达有MHCⅠ类分子，所以一旦被感染，所有细胞都可以发挥抗原呈递的功能将抗原呈递给CD8+T细胞。（CD8与Ⅰ类分子重链的非多形性部分结合）。一些I类MHC基因编码非经典的(即不结合cd8的)MHC分子，如HLA-G(可能在保护胎儿免受母体免疫反应中起作用)和HLA-E(将肽递呈给自然杀伤[NK]细胞上的特定受体)。
MHCⅡ类分子 通常仅表达于抗原呈递细胞（B细胞、巨噬细胞、树突状细胞及朗格汉斯细胞）、胸腺内皮细胞以及活化的（但不是静息的）T细胞表面；大多数的有核细胞可在IFN-gamma的诱导下表达MHC Ⅱ类分子。 MHC Ⅱ类分子由2条多肽链（α和β）组成；每条链含有一个多肽结合域、一个类Ig样结构域及一个带有胞质尾区的跨膜区域。编码2条链的基因均位于6号染色体的HLA-DP、-DQ或-DR区。对表达CD4的II类分子有反应的T细胞，通常是辅助细胞。
基因组的 MHC III类区域 编码了数种在炎症中起重要作用的分子，包括补体成分C2、C4和因子B；肿瘤坏死因子（TNF）-α；淋巴毒素；以及三种热休克蛋白，这些蛋白有助于保护细胞免受应激并维持蛋白质稳态。
在HLA系统中，由I类和II类基因位点编码的、通过血清学方法定义的抗原被赋予了标准的命名（例如，HLA-A1、-B5、-C1、-DR1）。 通过DNA测序鉴定等位基因，并通过以下方式命名以区分不同的基因。每个等位基因被赋有一个独有的数字，这个数字由HLA基因座位、星号、2个代表抗原的血清效价的数字及2个代表特异性等位基因的数字组成（如，A*02：01，DRB1*01：03，DQA1*01：02）。有时也会添加另外的数字来区别不同的亚型。 有时，一个冒号后会添加数字以标明编码特定蛋白的等位基因，另一个冒号后，在内含子或5'或3'非编码区添加其他数字以表示基因的多态性（如A*02：101：01：02，DRB1*03：01：01：02）。
MHCI和II分子被认为是异体移植排斥反应的过程中免疫原性最强的抗原。最强的决定簇是HLA-DR，随后是HLA-B和-A。因此，这3个位点对于捐赠者和接受者相匹配最为重要。
一些自身免疫性疾病都与特定HLA等位基因相关，例如，
