原生动物是某些有核单细胞生物（真核生物）的松散术语，这些生物缺乏细胞壁，既不是动物、植物，也不是真菌。引起人类肠道感染的最重要的肠道原生动物病原体包括
隐孢子虫属（见隐孢子虫病）
Cyclospora cayetanensis （见环孢子虫病)
贝氏囊等孢虫（以前称为贝氏等孢子球虫—见囊虫病)
溶组织内阿米巴（见阿米巴病）
Giardia duodenalis（以前被称为蓝氏贾第鞭毛虫，肠贾第鞭毛虫--见贾第鞭毛虫病）
微孢子虫门的成员过去被归类为原生动物，但现在，基于DNA研究，认为它们与真菌关系更为密切。
肠道内可同时存在大量的致病寄生虫和非致病共生生物。
肠道原虫经粪-口途径传播，因此在卫生及水源条件差的地区感染甚为广泛。它们常见于粪便失禁和卫生状况较差的环境中，如精神病院和日托中心。某些胃肠道原虫可通过性关系传播，特别多见于有口肛接触行为者。多种原生动物会导致免疫功能低下的患者发生严重的机会性感染，包括 人类免疫缺陷病毒（HIV）。
美国有时也会发生大型食源性或因水源污染所致的肠道原虫感染暴发（如2018年新鲜蔬菜托盘被污染导致的环孢子虫感染；1993年密尔沃基发生的大规模水源性Cryptosporidium隐孢子虫暴发流行）。
全身性原虫病 在别处讨论，包括 疟疾, 巴贝斯虫病, 弓形体病, 利什曼病, 恰加斯病， 和 非洲锥虫病。
肠道原虫和微孢子虫感染的诊断
根据症状和体征诊断肠道原生动物和微孢子虫感染很困难；有必要进行寄生虫抗原或DNA的粪便检测和囊肿或生物体的粪便显微镜检查。
粪便抗原检测具有一定的敏感性和特异性，适用于
Cryptosporidium 隐孢子虫属
E. histolytica
G. duodenalis
显微镜检查进行诊断可能需要多份标本、浓集法、特殊染色，因此应告知实验室临床所怀疑的病原体。一些患者需要半侵入性诊断方法如内镜下组织活检（见表收集和处理寄生虫感染的显微诊断标本）。
分子诊断 采用基于PCR(polymerase chain reaction)的分子学方法用于许多肠道原虫的诊断。
