虽然一些生殖道感染（细菌性阴道病和生殖器疱疹）能够影响分娩或分娩方式，但是大多数常见的产妇感染（如UTI、皮肤和呼吸道感染）在妊娠期通常并不是严重的问题。 因此，主要问题是抗菌药物的经常应用和药物安全性。
但某些母体感染可能损害胎儿，如下述：
HIV感染可经胎盘或在围产期由母亲传播给婴儿。 如果孕母不接受治疗，婴儿出生时的感染风险约为25％--35％。
李斯特菌病在妊娠期更常见。 李斯特菌病增加以下疾病风险
李斯特菌可经胎盘或在围产期由母亲传播给婴儿。
早产
在常规产检评估期间或症状进展时，应进行这些感染的检查。
分娩期生殖器疱疹能够传播给新生儿。 以下情况的风险足够高，所以剖腹产更佳：
当女性具有可见的疱疹性病变时
当分娩前具有已知感染史的女性进展前驱症状时
疱疹感染常在晚孕期首发（宫颈病毒在分娩过程中脱落）
如果没有可见的病变或前驱症状，那么甚至在复发性感染的女性中，风险也是低的，并且阴道分娩是可能的。 如果女性没有症状，那么连续产前培养不能帮助鉴别具有传播风险的女性。 如果女性妊娠期具有复发性疱疹感染，但是没有传播的其他风险因素，那么有时需要进行引产，以便分娩在复发之间发生。 当阴道分娩时，那么要进行宫颈和新生儿疱疹病毒培养。 妊娠期阿昔洛韦（口服和局部给药）是安全的。
抗菌药
尽量不给妊娠妇女开具抗菌药物，除非患者有强烈证据表明有细菌感染，这是非常重要的一件事情。 妊娠期使用任何一种抗菌药都要衡量获益是否大于风险，而这种关系也随着妊娠期的不同而有所变化（见妊娠期不良反应药物：特殊不良反应）。 感染的严重性和治疗的其他选择也应该考虑。
氨基糖苷类可以在妊娠期用于治疗肾盂肾炎和绒毛膜羊膜炎，但是应该仔细监测治疗，避免产妇或胎儿受损。
头孢菌素 通常被认为是安全的。
氯霉素，甚至是大剂量给药，也不会伤害胎儿；但是，新生儿不能充分代谢氯霉素，并且造成的高血药水平能够导致循环衰竭（灰婴综合征）。 氯霉素在美国很少应用。
氟喹诺酮类妊娠期不使用氟喹诺酮类药物；其具有骨和软骨的高亲和性，因此具有不良的肌骨骼反应。
大环内酯类 通常被认为是安全的。
甲硝唑 过去被认为有争议的头三个月期间使用;然而，多项研究，无致畸或致突变效应可见。
呋喃妥因 是否会导致先天畸形，还不清楚。 据近期的研究表明，它可以引起新生儿溶血性贫血。
青霉素 通常被认为是安全的。
妊娠期应用磺胺类药物通常是安全的。 但是，长效磺胺类药物能够穿过胎盘，并且从结合位点取代胆红素。 这些药物在妊娠34周后由于会使新生儿处于核黄疽的风险而通常避免使用。
四环素类药物能够穿过胎盘并且在胎儿骨和牙齿部位富集和沉积，此处会与钙相结合并且损害发育（见表怀孕期间有不良反应的药物）；妊娠中期至妊娠末期禁止使用。
关键点
大多数常见的产妇感染（如UTI、皮肤和呼吸道感染）在妊娠期通常并不是严重的问题。
对胎儿引起损害的妊娠期感染包括：（先天性巨细胞病毒，单纯疱疹病毒感染、风疹，弓形虫病，乙型肝炎，和梅毒。
只有在有确凿的细菌感染证据的情况下，并且只有在治疗的益处大于风险的情况下，才给孕妇服用抗菌药物，用药也因妊娠期的不同而异。
