疼痛是大多数肌肉骨骼疾患的主要症状。疼痛可轻可重，可急性短暂发作，也可慢性持久发作，可局限于某个部位，也可分布广泛（弥漫性）。
肌肉骨骼疼痛的原因
肌肉骨骼疼痛可由骨骼、关节、肌肉、肌腱、韧带、滑囊病变或复合病变（可参阅肌肉骨骼系统生物学简介）引起。损伤是最常见的疼痛原因。
骨痛一般位于深处，呈钻心样刺痛或钝痛。通常由损伤引起。另外，骨痛的其他不常见的病因包括骨感染（骨髓炎）、激素失调和肿瘤。
肌肉疼痛虽然不如骨的疼痛剧烈，但却让病人感到相当痛苦。例如，小腿的肌肉抽筋或痉挛（肌肉的持续性收缩）是一种剧烈的疼痛，常被称作抽筋。运动性损伤、肌肉血供减少、感染及肿瘤都可能引起肌肉疼痛的发生。风湿性多肌痛是一种导致颈部、肩部、上下背部和髋部严重疼痛和僵硬的疾病。
肌腱和韧带的疼痛程度不如骨的疼痛剧烈。它常被描述为“锐痛”，在受累肌腱或韧带被牵拉或活动时加重，在休息后通常减轻。引起肌腱疼痛的常见原因包括肌腱炎、腱鞘炎、肱骨外上髁炎或内上髁炎，以及肌腱损伤。引起韧带疼痛的最大原因为损伤（扭伤）。
滑囊痛可由外伤、劳损、痛风或感染导致。滑囊是充满液体的小囊，包绕在关节周围，为关节提供保护性缓冲。通常，滑囊疼痛随着运动会加重，休息可以减轻疼痛。受累的滑囊会肿胀。
关节疼痛（称作关节痛）可能与关节炎症（称作关节炎）有关，也可能无关。关节炎除导致疼痛外，也可导致肿胀。多种疾病可导致关节炎，包括
关节炎性疼痛可以是新发的（急性的，比如由感染、损伤或痛风导致），也可以是长期以来就有的（慢性的，如由类风湿性关节炎或骨关节炎导致）。由关节炎导致的疼痛一般会在关节活动时加重，但即使关节不活动通常也存在。有时候，来自关节周围结构（如韧带、肌腱和滑囊）的疼痛似乎像是来自关节。
纤维肌痛可导致肌肉、肌腱或韧带的疼痛。疼痛通常发生于多个部位，或导致多个部位的压痛，可能难以精确描述，但通常不来自于关节。患者通常伴随其他症状，如疲倦和睡眠不佳。
有些肌肉骨骼疾病通过压迫神经导致疼痛。这些疾病包括各种隧管综合征（如腕管综合征、肘管综合征和跗管综合征）。疼痛常沿神经支配区域放射，可呈烧灼痛，常伴随麻刺感和/或麻木感。
有时，看似肌肉骨骼系统的疼痛实际是其他系统器官引起。例如，肺、脾和胆囊的疾病可引起肩关节的疼痛。背部疼痛可能因肾结石、腹主动脉瘤、胰腺炎或女性的盆腔炎引起。手臂痛可由心脏病（心肌梗死）引起。
肌肉骨骼疼痛的评估
在查找关节疼痛的病因时，医生首先确定
有多少关节受累，哪些关节受累
中轴骨（如脊柱和骨盆）是否受牵连
关节疼痛是急性痛还是慢性痛
哪些因素可缓解或加重疼痛
是否伴随其他器官的其他症状（如皮疹、发烧或干眼）
弄清这些因素可为查找疼痛病因提供重要线索。医生通过体格检查可确定这些因素，并可发现其他可能有助于确定疼痛原因的线索。
有时，疼痛的类型可提示疼痛的起源部位。例如，随活动加重的疼痛提示与肌肉骨骼疾病有关。疼痛伴肌肉痉挛提示疼痛是由肌肉疾病导致（有时是慢性脊髓损伤）。医生触诊的部位（如关节、韧带、滑囊）或被动活动关节时，出现肿胀和压痛的部位通常提示了疼痛的来源。
当然，通常疼痛的这些特征并不能提示其来源和原因。因此，医生通常要根据其他症状、体格检查结果、实验室检查和 X 光来明确诊断。例如，莱姆病以关节疼痛和牛眼状皮肤红斑为特点，血液检查可以发现该病病原微生物的特异性抗体。痛风的特点是第一跖趾关节和其他关节的急性红、肿、痛。关节液的测试通常显示出尿酸晶体的存在。
检查
血液检查的唯一用处是对医生在体检后得出的诊断提供支持。单独的血液学检查不能确诊或确定临床诊断。血液学检查包括类风湿因子、抗核抗体，通常用于常见关节炎的辅助诊断，如类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮。一般只有在临床症状明显提示该病时才考虑进行上述检查。
X 光检查主要用于提供骨的影像，它不能显示肌肉、肌腱和韧带。当医生怀疑有骨折、或比较不寻常的骨肿瘤或感染，或是寻找可以确认患者患有某种关节炎的改变（如类风湿性关节炎、骨关节炎）时，通常进行 X 光检查。
不同于 X 光，磁共振成像 (MRI) 可以确定软组织如肌肉、滑囊、韧带、肌腱的异常。所以，当医生怀疑有重要韧带或肌腱损伤或是关节内重要结构损伤时，可以使用 MRI 检查，在评估许多疼痛疾病时，MRI 检查要优于 X 光检查。MRI 可以检测 X 光无法显影的骨折。
计算机断层成像 (CT) 扫描比 X 光更灵敏，常用于获取 X 光平片所不能发现的骨折或骨病细节。不能做或无法做 MRI 时，可选用 CT 扫描。
其他影像学检查包括超声检查、关节造影术（将不透 X 光的造影剂注入到关节腔内，对关节内结构如韧带进行显影）和骨扫描。这些检查可帮助医生诊断某些疾病。医生可对骨骼、关节表面薄膜（滑膜）或其他组织进行取样镜检（活检）。
如果关节肿胀，通常要做关节液检查。医生抽取关节液时，要先用消毒剂对关节区域进行消毒，然后再用麻醉剂麻醉皮肤。然后，向关节内插入一根针头抽取关节液（该手术称作关节抽吸术或关节穿刺术）。该手术基本无痛。除其他检查项目外，通常要检查关节液中是否存在导致感染的细菌，并在显微镜下检查是否有导致痛风和相关疾病的结晶。
