肝脏每天生成500~600mL胆汁。胆汁与血浆等渗，主要成分有水、电解质和有机成分包括胆汁酸盐、磷脂（主要是卵磷脂）、胆固醇、胆红素、其他内源性生成物以及摄取的化合物，如调节胃肠功能的蛋白和药物或其代谢产物。胆红素 是来自衰老红细胞的血红素的降解产物，使胆汁呈黄绿色。
胆汁酸盐（胆汁酸）是胆汁的主要有机成分。肝脏通过主动转运，分泌胆汁酸到相邻肝细胞之间的毛细胆管。毛细胆管的转运是胆汁生成的限速步骤。一旦分泌，胆盐通过渗透作用将其他胆汁成分（特别是钠和水）带到毛细胆管。 胆汁酸盐也是生物学上的清洁剂，其促进机体分泌胆固醇和有潜在毒性的化合物（如，胆红素、药物代谢产物）。在十二指肠，胆汁酸盐能溶解摄入的脂肪和脂溶性维生素，促进其消化和吸收。在肝脏内，胆汁从肝内胆管流到左、右肝管，最后进入肝总管。
空腹时分泌的胆汁约75％从肝总管经胆囊管进入胆囊。其余胆汁则直接通过肝总管和胆囊管汇合形成的胆总管进入十二指肠。空腹时，胆囊吸收了胆汁中高达90％的水分，浓缩和贮存胆汁。
肝脏和胆囊视图
胆汁从胆囊排空到胆总管。胆总管和胰管汇合形成Vater壶腹，进入十二指肠。和胰管汇合前，胆总管逐渐变细，直径≤0.6cm。
Oddi括约肌环绕胆总管和胰管，后两者又有自身的括约肌。因此正常情况下胆汁不会逆流至胰管内。 这些括约肌对胆囊收缩 素和其他胃肠激素（如胃泌素释放肽），以及胆碱能张力的改变（如抗胆碱能药物）高度敏感。
饮食促进胃肠激素的释放和胆碱能神经的激活，引起胆囊收缩和Oddi括约肌舒张，结果可使50%~75％的胆囊内成分排入十二指肠。相反，空腹时，括约肌张力增加利于胆囊充盈。
胆汁酸盐在近端小肠通过被动扩散吸收的很少，大部分到达末端回肠。末端回肠主动吸收90％的胆汁酸盐进入门静脉循环。 胆汁酸盐回到肝脏后经过重新提取，适当加工（如游离形式变为结合形式），重新分泌到胆汁中。胆汁酸盐每天通过这种途径从肝脏到肠道再到肝脏（即肠肝循环）循环10～12次。
虽然无结石性胆痛可在没有胆结石的情况下出现，并且胆囊本身被切除后可以发生胆囊切除综合征 ，但是大多数胆道疾病由胆结石引起。胆囊结石（ 胆石症 ）通常无症状。胆汁流可以在胆管被胆结石阻止（胆总管结石），引发胆绞痛或造成胆囊的炎症（胆囊炎）。胆囊炎可能是急性，在几小时内发作，或慢性，持续很长一段时间。
胆管阻塞也可引起胆管炎症（急性胆管炎），通常伴细菌感染，胆汁流可以被肿瘤 阻止或变慢（称为胆汁淤积），或者在艾滋病患者中，由机会性感染所造成的狭窄（AIDS相关性胆管疾病 )。 胆汁淤积也可导致炎症，纤维化和胆管狭窄（称为硬化性胆管炎)。 通常，硬化性胆管炎的原因不明（称为原发性硬化性胆管炎[PSC])。
