食用多种蘑菇可以引起中毒。毒素和症状因物种而异。识别蘑菇种类的难度较大，所以常依据症状进行治疗。
(参见中毒的基本原则。)
即使对于很有经验的人来说在野外鉴别出有毒和无毒也是有困难的。民间流传的方法并不可靠，同一种类蘑菇在不同地区生长其毒性差异很大。如果患者食入不明蘑菇，鉴别出这种蘑菇的种类对于决定患者的特殊治疗是很有帮助的。由于有经验的真菌学家很难及时赶来会诊，所以对于食用了蘑菇而生病的患者一般都是根据症状予以治疗。如果能从病人尚未食用的蘑菇或者其呕吐物中取到蘑菇的标本，可送到真菌学家那里进行分析。
所有毒蘑菇都可以引起呕吐和腹痛，其他各种特殊表现与蘑菇的不同种类有关。 一般来说，早期（2小时内）引起各种症状的蘑菇的危险性比晚期（6小时以后）引起各种症状的蘑菇要低。
绝大多数菌菇类中毒的治疗为对症和支持疗法。活性炭可能有利于限制吸收。已尝试使用多种解毒剂，特别是对 鹅膏菌 种，但没有一种具有持续的阳性结果。
早期胃肠道 (GI) 症状
引起早期胃肠道症状的蘑菇（例如铅绿褶菇这种一般生长在草地上的棕色的小蘑菇），可以引起肠胃炎，有时伴有头痛或肌痛。腹泻有时呈血便。
症状通常在24小时内消退。
治疗基本为支持治疗。
早期神经症状
引起早期神经症状的蘑菇包括致幻觉的蘑菇，因其含有西洛西宾这种致幻剂而经常被人为了娱乐而食用。最常见的是 裸盖菇属，但是还有一些其他的蘑菇属含有西洛西宾。
症状一般于15～30分钟内发生，包括欣快感、想象力增强和幻觉。心动过速和高血压经常发生，儿童可发生高热，然而罕见有严重后果。
治疗措施一般包括镇静治疗（例如苯二氮䓬类）。
早期毒蕈碱症状
某些蘑菇含有刺激毒蕈碱胆碱能受体的毒素，从而模仿乙酰胆碱对这些受体的作用（毒素不刺激烟碱胆碱能受体）。丝盖伞属和杯伞属会引起早期的毒蕈碱症状。
症状为SLUDGE综合征（见表常见中毒症状），包括瞳孔缩小、支气管黏液、心动过缓、出汗、喘鸣和痉挛。 这些症状一般都较轻微，在30分钟内发生，12小时内可以缓解。
阿托品可以应用于治疗严重的毒蕈碱症状（例如喘鸣、心动过缓）。
后期胃肠道症状
导致迟发型胃肠道症状的蕈类包括伞形毒菌属、鹿花菌属和丝膜菌属的成员。
伞形毒菌属中毒性最强的是毒鹅膏菌，因蘑菇中毒死亡者中有95%是由其所致。 在食入蘑菇后6～12小时开始发生的肠胃炎是严重的，常会发生低血糖。这些症状在几天后会减轻，随后发生肝衰竭和肾衰竭。早期的治疗包括严密监测低血糖的发生和重复应用活性炭。 肝移植可以治疗肝衰竭；其他的一些特殊治疗（包括N-乙酰半胱氨酸、大剂量青霉素、水飞蓟宾、静脉注射脂肪乳剂）均未证实有效。
毒鹅膏 蘑菇引起迟发胃肠炎，通常在摄入后6〜12小时发生。急性肾功能衰竭通常在摄入后1〜2周出现，往往需要透析。
鹿花菌属在引起肠胃炎的同时或片刻之后会发生低血糖。 其他一些表现包括中枢神经系统毒性症状（例如癫痫发作）和迟发的肝肾综合征。早期治疗包括严密监测低血糖的发生和重复应用活性炭。 神经系统症状可以用维生素B6 70mg/kg（最大剂量5g/d）静脉注射4～6小时来治疗；肝衰竭应用支持治疗。
大多数丝膜菌属在欧洲内生长。肠胃炎可能会持续3天。伴有胁腹疼痛和尿量减少的肾衰竭一般在摄入丝膜菌属后3～20天内发生。肾功能衰竭通常会自发消退，但如果肾功能在 3 至 5 天内没有改善，可能需要进行短暂的透析，并且慢性肾损伤可能是永久性的。
迟发性肌肉症状
几种蘑菇种类会导致延迟性肌毒性，从而导致 横纹肌溶解症 这有时是致命的。口蘑 spp 可在摄入 24 至 72 小时后引起疲劳、肌肉无力、肌痛和横纹肌溶解。红菇 spp 引起了类似的影响心肌组织的肌毒性，导致心动过速、低血压、心律失常和死亡。除了支持性护理外，没有其他具体的治疗方法。
迟发性神经系统综合征
一些 克立霉素 蘑菇会引起红斑性肢痛，即在摄入 24 小时后出现感觉异常和严重的烧灼感，伴有远端肢体水肿和红斑。静脉注射烟酸可能是一种有效的治疗方法。
鲢鱼 引起眩晕、共济失调、视觉障碍、嗜睡和脑病中枢神经系统综合征的延迟（摄入后超过 12 小时）。
孢子壳菌 导致意识改变、抽搐、肌阵挛、构音障碍、脑病、呼吸衰竭和死亡的延迟（1至31天）综合征。
