自身免疫疾病，包括 Graves 病，在女性中更常见，特别是孕妇。自体免疫疾病产生的异常抗体能通过胎盘，并导致胎儿疾病。妊娠对不同的自体免疫疾病产生不同的影响。
抗磷脂综合征
免疫性血小板减少症 (ITP)
在免疫性血小板减少症中，抗体减少了血液中的血小板数量。血小板是血液中参与血液凝块过程的类似细胞的小颗粒。血小板太少（血小板减少症）可导致孕妇及其婴儿大量出血。
如果在怀孕期间未治疗，免疫性血小板减少症往往会变得更加严重。
造成该病的抗体可通过胎盘到达胎儿。然而，它们很少影响胎儿的血小板计数。
胎儿通常可以经阴道分娩。
免疫性血小板减少症的治疗
皮质类固醇
有时静脉注射免疫球蛋白
口服皮质类固醇（通常是泼尼松）能增加血小板数量（计数），因而可以改善免疫性血小板减少症孕妇的凝血。但是，这种改善仅会在大约一半的女性中持续。此外，强的松会增加胎儿不像预期的那样生长，或将早产的风险。
分娩前静脉注射大剂量丙种球蛋白可以暂时增加血小板计数及改善凝血，所以产妇可以经阴道安全分娩而不会发生无法控制的大出血。免疫球蛋白（从免疫功能正常者血液中获得的抗体）可暂时增加血小板计数，并改善凝血。其结果是，分娩可以安全地进行，孕妇可以阴道分娩，而不会出现不受控制的出血。
只有在血小板过低以至于可能发生严重出血，或有时需要剖宫产分娩时，才给孕妇输入血小板。
很少的情况是，虽然经过治疗，但血小板计数仍严重不足，此时医生会将脾摘除，脾脏正常情况下会捕获并破坏旧的血细胞和血小板。该手术的最佳时机是妊娠中期。
重症肌无力
重症肌无力会导致肌肉无力。它在妊娠期间和妊娠之间的影响各不相同。孕妇的无力发作可能增多。因此，她们可能需要更高剂量的药物（如新斯的明）来治疗此病。这些药物可能有副作用，如腹痛、腹泻、呕吐和无力加重。如果这些药物无效，这些女性可接受皮质类固醇或抑制免疫系统的药物（免疫抑制剂）。
常在孕期使用的某些药物，例如镁，可使重症肌无力导致的无力加重。所以如果女性患有重症肌无力，必须确保医生知晓自己的病情。
极少数孕妇在分娩时需要辅助呼吸（辅助通气）。尽管建议阴道分娩，但女性可能需要帮助，例如使用产钳。
导致这种疾病的抗体可以通过胎盘。重症肌无力女性患者生出的婴儿中，约五人中便有一人患此病。但是，新生儿的肌无力一般都是暂时性的，因为从母体来的抗体会逐渐消失，而婴儿自身不会产生此类抗体。
类风湿性关节炎
风湿性关节炎可能在怀孕期间发生，或者甚至更常是在分娩后不久。如果类风湿性关节炎在怀孕前就存在，它可能在怀孕期间暂时消退。
这种疾病不会直接影响胎儿。但是，如果关节炎损伤了髋关节或下脊柱（腰椎），孕妇可能很难分娩，可能需要剖腹产。风湿性关节炎的症状在妊娠期可能缓解，但通常在分娩后回到原来的水平。
如果在孕期突然发作，可以使用泼尼松（皮质类固醇）进行治疗。如果泼尼松无效，可以使用一种抑制免疫系统的药物（免疫抑制剂）。
怀孕后发作会使类风湿性关节炎患者更难照顾自己和婴儿。
系统性红斑狼疮（狼疮）
狼疮可能在孕期第一次出现、加重或者有所改善。妊娠对系统性红斑狼疮进程的影响通常无法预测，但最常见的是在分娩后病情立即加重。
患有狼疮的女性常有反复流产、胎儿不能如预期生长（小于胎龄）及早产等病史。如果孕妇有狼疮并发症（如肾损害或高血压），胎儿或新生儿死亡的危险性增加。
可以通过以下措施将有关狼疮的问题最小化：
女性等到疾病已有6个月没有发作之后再准备怀孕。
调整药物疗法，尽可能地控制狼疮。
血压和肾功能正常。
孕妇的狼疮抗体可通过胎盘传给胎儿。因此，胎儿可能出现心动过缓、贫血、血小板和白细胞计数减低。但是，这些抗体在婴儿出生后几周内消失，除心动过缓外，其他抗体产生的影响也消失。
如果女性狼疮患者在怀孕前便已服用羟氯喹，可以在整个孕期服用。如果突然发作，女性可能需要口服低剂量泼尼松（皮质类固醇），另一种糖皮质激素（例如静脉给予甲强龙）或抑制免疫系统的药物（免疫抑制剂），例如硫唑嘌呤。
