胃酸由位于胃近端2/3（胃体）部位的壁细胞分泌。胃酸能调节胃内pH至适合胃蛋白酶和胃脂肪酶作用的水平，并刺激胰腺分泌碳酸氢盐，从而有助消化。胃酸分泌由食物所引起：食欲、气味和味道都可影响迷走神经刺激位于胃远端1/3（胃窦部）的G细胞分泌胃泌素。食物中的蛋白质到达胃部后可进一步刺激胃泌素释放。血液循环中的胃泌素促进胃体部的嗜铬细胞组胺。组胺通过H2受体刺激壁细胞，壁细胞分泌胃酸，导致胃腔内pH值下降，从而导致胃窦D细胞释放生长抑素，后者抑制胃泌素的释放（负反馈调节）。
胃酸的分泌自出生就存在，2岁时达到成人水平（基于体重的计算）。患慢性胃炎的老年人，其胃酸分泌水平下降，但其人的胃酸分泌水平终身维持在一定水平。
通常，胃肠道粘膜受到几种不同机制的保护：
黏膜可产生黏液和HCO3，在胃腔（低pH）和胃黏膜（中性pH）之间可产生一个pH梯度。黏液成为胃酸和胃蛋白酶扩散的屏障。
上皮细胞可通过膜转运系统清除过多的氢离子（H+），也可通过紧密连接防止H+ 的逆扩散。
黏膜血流可清除扩散至上皮层的过多胃酸。
多种生长因子（如表皮生长因子、胰岛素样生长因子I）和前列腺素均与黏膜修复及维持黏膜完整有关。
影响黏膜防御机制的因素（特别是非甾体类抗炎药[NSAIDs]和幽门螺旋杆菌感染）容易引起胃炎和 消化性溃疡。
NSAIDs能通过局部和全身机制促进黏膜的炎性反应和溃疡形成（有时伴消化道出血）。NSAIDs通过阻滞环氧化物酶（COX）抑制前列腺素的产生，从而减少胃血流、黏液和 HCO3 分泌，并减弱细胞修复和复制功能。另外，由于NSAIDs本身是弱酸，在胃内pH环境下呈非离子化形式存在，可自由通过黏液屏障抵达胃上皮细胞，在该处释放H+，引起细胞损害。因为胃前列腺素的产生与COX-1异构体有关，具有选择性COX-2抑制功能的NSAIDs要比其他NSAIDs副作用少。
