住院的患者可能会有罹患院内感染的风险。人们住院期间存在受到感染的风险，这种感染称为院内感染。在美国，有大约 4% 至 5% 的患者在住院期间感染，每年有大约 75,000 人死于院内感染。（也可参见住院引起的问题。）
感染风险在以下人群中较高
婴幼儿
老年人
免疫功能低下患者
使用有创医疗器械的患者，如静脉导管、导尿管和气道导管（用于呼吸机辅助呼吸）
院内感染可能由细菌或真菌引起。细菌和真菌感染有可能是危险甚至致命的。
在医院获得的生物体往往能抵抗许多常见抗生素。在医院频繁使用抗生素会促进耐药菌株的产生。
院内获得性感染包括肺炎、泌尿道感染、手术切口感染和血液感染。
肺部感染
躺在病床上的人不像往常使用肺部来呼吸那么多，时间长了以后控制呼吸的肌肉会变弱。因此，深呼吸会变得困难，如果气道中粘液积聚，患者就不能通过用力咳嗽将其从气管里排除。当粘液积聚，细菌不能从气道中良好排除时，可能引发肺炎。
在下列情况下，肺部感染的风险会增大：
使用呼吸器的情况下风险会增大
之前接受过抗生素治疗
存在其它器官病变，如心脏、肺、肝、肾
70岁以上
在疗养院
胸部或腹部做过手术
服用某些药物，如减少胃酸的质子泵抑制剂
练习深呼吸和咳嗽可以帮助预防肺部感染。这些训练能保持肺部正常工作，而且呼吸肌也不会变弱。
尿路感染
有时住院患者在其膀胱中置有引流管（导尿管）。当医生需要密切监测患者尿量时—例如在重症患者中，可以插入导尿管。以前，医生会给失禁的患者使用导尿管。然而，导尿管显著增加泌尿道感染风险，因为它们使得细菌更容易进入膀胱。
因此，为了预防泌尿道感染，医生尽可能减少使用导尿管。当必须使用导尿管时，应该经常检查导尿管是否干净。对于失禁患者，按需换尿布是比使用导尿管时更好的选择。
院内获得性感染的预防
医务人员为预防医院获得性感染常采取的措施如下：
经常洗手
经常使用乙醇类消毒洗手液
佩戴保护手套或外罩
为了防止耐药菌的出现，许多医院有限制使用抗生素的项目，这样只有经过确诊感染的患者才能使用。而且，许多医院都限制使用最新、最强效的抗生素，以防止产生耐药性。
