口腔颜色改变可能由以下原因引起：
全身（系统性）疾病
口腔疾病
可能导致口腔颜色改变的全身疾病包括：
贫血（低血细胞计数）可能会导致口腔粘膜呈苍白色，而非正常健康的微红色。
麻疹是一种病毒性疾病，可导致两颊内侧形成斑点。这些斑点称为 Koplik 斑点，像是被红圈包围的微小灰白色颗粒。
在艾滋病患者中，由卡波西肉瘤引起的紫色斑块可能会出现在腭部上。
腭部（口腔顶部）的红色小斑点（称为瘀点）可能是发生血液疾病或传染性单核细胞增多症的一个征象。
导致颜色变化的口腔疾病可能代表存在问题，但并非一定如此。例如，白色区域可能出现在嘴中的任何地方，通常只是可以被擦去的食物残渣。白色区域也可能是由于颊部咬伤或在牙齿或牙齿填充物的锋利部分上摩擦颊部或舌头而引起的。有许多疾病都可能导致出现白色区域（例如酵母菌感染 [念珠菌病]）、白色厚褶皱（一种被称为白色海绵痣的遗传性疾病）、沿着牙齿对面的颊内侧延伸的白线（颊白线），或者脸颊内侧灰白色区域（白色水肿）。
持续性白色区域可能是口腔癌的早期征象之一，因此应始终由牙医或医生进行评估。持续性红色区域（称为红斑）也可能是发生口腔癌的一个征象。
口腔颜色变化的示例包括：
由于补牙时使用的银汞合金、铅笔含入口腔中残留的石墨或痣，口腔中可能会出现深蓝色或黑色区域。
大量吸烟会导致黑褐色或黑色（通常是牙龈）变化，称为吸烟者的黑变病。
口腔中的棕色区域可以遗传。例如，在肤色较深的人和地中海人中，深色素区域特别常见。
食物色素、衰老和吸烟可导致牙齿颜色变深或变黄。
抗生素米诺环素可导致骨头变色，此现象可能会通过牙齿附近变为灰色或棕色显示。母亲在怀孕后期或者儿童在牙齿的发育阶段（尤其是在牙冠的钙化阶段，该阶段可以持续到 9 岁）短期服用四环素（抗生素的一种），可能导致儿童的牙齿出现明显的永久性变黑。
