虽然每个器官具有其特定的功能，但器官也可作为群体发挥功能，称为器官系统（参见表主要器官系统）。医生根据器官系统，对疾病和他们自己的医学专业进行分类。
器官系统及其功能的一些示例包括消化系统、心血管系统和肌肉骨骼系统。
消化系统（或胃肠道系统），从口腔到肛门，负责消化、吸收食物和排出废物。这个系统不仅包括运送和吸收食物的胃、小肠和大肠，还包括如胰腺、肝脏、胆囊等分泌消化酶、排出毒素和储存消化必要物质的相关器官。
心血管系统包括心脏（心）和血管（血管）。心血管系统负责泵送和维持血液循环。
肌肉骨骼系统包括骨、肌肉、韧带、肌腱和关节，它们支持和运动身体。
主要器官系统
系统 | 系统里的器官 | 系统的一些主要功能 |
|---|---|---|
| 泵出血液并使血液在体内循环 | |
| 向血液中添加氧气（并去除血液中的二氧化碳） | |
| 指导身体的故意（和许多自动）行为 能够产生思考、自我意识和情绪 | |
| 在身体内部和外部环境之间提供保护屏障 | |
| 提供结构并使身体能够运动 | |
| 向全身所有细胞输送氧气和营养物质（并运出二氧化碳和废物） | |
| 吸取食物中的营养物质 将废物排出体外 | |
| 产生血液中携带的化学信使（激素），后者指导不同器官系统的活动 | |
| 过滤血液中的废物 | |
| 能够进行生殖 | |
| 能够进行生殖 |
一起工作的器官系统
器官系统常常一起工作以完成复杂的任务。例如，一顿饱餐之后，几种器官系统一同工作以帮助消化系统获得更多血液来行使其功能。消化系统需要取得心血管系统和神经系统的帮助。消化系统的血管扩张，送来更多的血液。神经冲动被传递到大脑，告诉大脑消化活动增加。消化系统甚至通过神经冲动和释放化学物质入血来直接刺激心脏。心脏的反应是泵出更多血液。大脑做出的反应是减少饥饿感、增加饱腹感以及减少对各种剧烈身体（肌肉骨骼系统）活动的兴趣，从而保留更多的血液为消化系统而非骨骼肌所用。
器官与器官间的交流至关重要。交流帮助身体根据全身需求来调节每个器官的功能。在上述示例中，心脏需要知道消化器官何时需要更多血液，以便在需要时泵出。当心脏知道身体在休息时，它泵出的血液就会减少。当体内液体含量过多时，肾脏必须有所感知，从而可以产生更多的尿液，而当身体脱水时它们又可以保住水分。
内环境稳定是用来描述身体如何维持其正常的组成及功能的术语。因为器官系统之间存在相互联系，所以身体能够使体内液体和物质的量保持稳定。此外，可保持各器官行使的功能不多也不少，同时各器官有助于每个其他器官发挥作用。
通过自主神经系统和内分泌系统之间的联系来维持内环境稳定。实现这些联系的特殊化学物质称为递质。
自主神经系统主要控制可调节身体功能的复杂信息交流网络。这一部分神经系统不受人的意识支配，没有明显的运作迹象。在神经系统各部分之间以及神经系统与其他器官之间传递信息的递质叫做神经递质。
内分泌系统包括各种腺体，这些腺体可产生化学递质，称为激素。激素可通过血流被输送到其他器官并调节这些器官的功能。例如，甲状腺分泌的甲状腺激素可控制代谢速率（身体进行化学作用的速率）。胰腺产生胰岛素，控制糖的使用。
最有名的递质之一是称为肾上腺素的激素。当一个人突然承受重大压力或被惊吓时，脑立即会对肾上腺发出一个信息，后者迅速释放肾上腺素。很快，这种化学物质使全身处于警戒状态，有时将这种反应称为应急反应。心脏比通常跳动更快更有力，眼睛睁大使更多光线进入，呼吸加快，消化系统活动减慢以使更多血液进入肌肉。这种作用迅速而强烈。
其他化学交流不像这么立竿见影，但同样有效。例如，当身体处于脱水状态、需要更多水分时，通过心血管系统循环的血量会减少。颈动脉上的受体感知到此血量减少。它们产生反应，向脑底部的垂体传送神经冲动，然后垂体就分泌抗利尿激素。这种激素通知肾脏浓缩尿液和保住更多水分。同时，脑感受到渴觉，刺激人喝水。
