尽管美国建立了强大的疫苗安全体系，但一些父母仍对儿童疫苗的使用和时间表感到担忧。这些担忧会导致一些父母对疫苗犹豫不决。疫苗犹豫是指尽管有疫苗服务，但父母推迟或不允许自己的孩子接种部分或全部推荐疫苗。当父母拒绝让儿童接种一种或多种疫苗时，儿童更容易发生疫苗可预防的疾病。
在美国，没有接受常规疫苗接种的儿童仍然会病得很重，有时会死于疫苗可预防的疾病。例如，在开发出疫苗之前，B 型流感嗜血杆菌 (Hib) 是儿童细菌性脑膜炎（可导致脑损伤或耳聋）的主要原因。在接种疫苗前，Hib 感染每年在大约 20,000 名儿童中发生，现在在美国很少发生。2009-2018 年间，5 岁以下儿童中仅发生 36 例重症病例，其中 26 例为未接种或未完全接种的儿童（参见美国疾病控制与预防中心 (CDC)：疫苗可预防疾病的流行病学和预防）。
COVID-19疫苗
COVID-19 大流行使疫苗犹豫重新成为首要问题。第一种 COVID-19 疫苗于 2020 年 12 月获得美国食品药品监督管理局 (FDA) 的紧急使用授权 (EUA)。此后，数亿美国人至少接种过一剂 COVID-19 疫苗。然而，许多人仍然没有接种疫苗。与其他疫苗可预防的疾病类似，COVID-19 住院和死亡在未接种疫苗的人群中更为常见。此外，与 COVID-19 疫苗接种相关的严重副作用极为罕见（低于每百万次疫苗接种 10 例）。
一些父母认为 COVID-19 感染对儿童并不危险，但事实并非如此。尽管儿童感染 COVID-19 的症状通常比成人轻，但仍可能导致严重问题和死亡。截至 2023 年 5 月，据报道自大流行开始以来，美国有超过 1,500 万儿童的 COVID-19 检测呈阳性，导致 1,839 例死亡。此外，COVID-19 可导致儿童多系统炎症综合征 (MIS-C)，这是一种罕见但严重的疾病，截至 2023 年 5 月 31 日，在近 10,000 名确诊该病的儿童中导致 79 人死亡。与成人一样，未接种疫苗的青少年比接种疫苗的青少年更容易住院。此外，即使 COVID-19 感染为轻度或没有引起症状，儿童也可能出现长期问题（长期 COVID）。研究表明，与未接种疫苗的人相比，疫苗接种后感染 COVID-19 的人不太可能报告长期 COVID（参见 CDC：长期 COVID 或 COVID 后疾病）。
麻疹-腮腺炎-风疹 (MMR) 疫苗：对孤独症的担忧
20 世纪 90 年代，公共新闻报道了关于 MMR 疫苗可能导致孤独症的担忧。这些担忧基于一份 1998 年关于 12 名儿童的欺诈性和简短的医疗报告。他们的父母报告，八名儿童在症状出现前一个月内曾接受 MMR 疫苗。因为这一系列事件也可能偶然发生，所以其后医生已进行了许多研究，以寻找疫苗与孤独症之间的联系。在众多研究中，没有任何一项研究发现此关联。
在这些研究中，最大规模的研究针对在 1991 至 1998 年之间出生的 537,303 名丹麦儿童进行了相关探查。大多数 (82%) 此类儿童接种了 MMR 疫苗。医生发现
已接种疫苗的孩子患上孤独症的可能性并不高于未接种的孩子。
在接种疫苗和未接种疫苗的儿童中，分别有 608/440,655 (0.138%) 名和 130/96,648 (0.135%) 名儿童出现了孤独症或相关疾病。在接种疫苗的人群和未接种疫苗的人群中，自闭症儿童的比例几乎相同。在一项对丹麦 1999 年至 2010 年间出生的所有儿童的随访研究中，共随访 657,461 名儿童，得出的结论是，MMR 总体上不会导致孤独症，也不会增加因家族史而有孤独症高风险的儿童的风险。
世界各地的其他类似研究也得出了类似的结论。此外，已发现有关孤独症和 MMR 疫苗的最初广为流传的研究存在严重的科学缺陷，并已遭到医学界和科学界的质疑。
遗憾的是，尽管有大量证据支持 MMR 疫苗的安全性，但许多父母仍然缺乏信心。因此，2019 年，美国经历了自 1992 年以来最大规模的麻疹暴发。根据美国疾病控制与预防中心 (CDC) 的调查，大多数感染者未接种疫苗（参见 CDC：麻疹病例和暴发）。
硫柳汞：对孤独症的担忧
人们也一直在关注可能出现的硫柳汞副作用问题。在含有一剂以上疫苗的瓶装疫苗（多剂量瓶装疫苗）中，硫柳汞曾用作防腐剂。只含有一剂疫苗的瓶装疫苗（单剂量瓶装疫苗）不需要防腐剂，且防腐剂不能用于活病毒疫苗（如风疹和水痘）。含有汞的硫柳汞会在体内分解成乙基汞，其会迅速从身体中清除。因为甲基汞（这是一种不同的化合物，不会迅速从身体中清除）对人类有毒性，所以人们担心，疫苗中使用的极少量硫柳汞可能会导致神经系统问题，特别是儿童孤独症。
世界卫生组织 (WHO) 不建议将硫柳汞从任何疫苗中去除，因为尚无证据表明常规使用会造成任何伤害。但是，由于存在理论问题，虽然尚无研究显示硫柳汞危害的证据，但是到 2001 年，美国、欧洲和其他几个国家从常规儿童疫苗中去除了硫柳汞。在这些国家，少量硫柳汞继续用于某些流感疫苗，以及用于成人的几种疫苗。建议所有儿童每年接种流感疫苗，担心硫柳汞的父母可以要求接种不含硫柳汞的流感疫苗。（另见 CDC：硫柳汞常见问题解答）。
从常规儿童疫苗中去除硫柳汞对患有孤独症儿童的数量没有影响。
同时使用数种疫苗
根据 CDC 推荐的疫苗接种时间表，儿童应在 6 岁前接种抵御 10 种或以上不同感染的若干剂疫苗。为了减少注射和就诊次数，临床医生会给予多种疫苗的联合疫苗，例如白喉-破伤风-百日咳疫苗和其他疫苗。
然而，现在有些父母担心儿童的免疫系统不能同时应对如此多的抗原。抗原是疫苗中源于病毒或细菌的物质，会使机体的免疫系统产生抗体以对抗疾病。有时，有相关忧虑的父母要求执行不同的疫苗时间表或要求延后或拒绝接种某些疫苗。但是，建议的时间表旨在在儿童开始需要预防该疾病的年龄时提供各种疫苗。因此，不遵守时间表会使儿童受到感染的风险增加。此外，由于目前疫苗中抗原含量总体较少（因为关键抗原已被更好地识别和纯化），因此儿童现在暴露的疫苗抗原比 20 世纪的大部分疫苗要少。
此外，与人们在日常生活中遇到的抗原相比，疫苗甚至是联合疫苗含有的抗原非常少。从出生开始，儿童平时每日都会接触数十种甚至数百种抗原。其免疫系统可以毫不费力地应对这些抗原。即使是轻微的感冒也会使儿童接触 4 至 10 种病毒抗原。联合疫苗接种不会增加儿童免疫系统的负担或破坏儿童免疫系统。（另见 CDC：一次接种多种疫苗。）
拒绝接种疫苗对公共卫生的影响
延后或拒绝接种疫苗也会影响公众健康。如果接种疫苗的人减少，那么对疾病产生免疫力的人群百分比即会有所下降。然后，这种疾病变得越来越普遍，特别是在患病风险增加的人群中。
这些人的患病风险可能有所增加，原因在于
他们接种了疫苗，但并未产生免疫力。
他们接种了疫苗，但随着时间的推移，其免疫力下降，可能会随着年龄的增长而增加患病风险。
其免疫系统受到疾病或药物的影响（如用于治疗癌症或预防移植排斥的药物），因而无法接种活病毒疫苗，如 MMR 或水痘疫苗。
