真菌是真核生物，以酵母、霉菌或两者兼有的形式存在。酵母由单细胞组成，通过出芽方式繁殖。霉菌以丝状体出现，也称为菌丝，通过顶端伸长而延伸。双相型真菌在环境中以霉菌的形式生长，在体内以酵母细胞或球体（作为真菌繁殖形式的囊状细胞）的形式生长。
真菌感染通常分为：
原发性
机会性
原发性感染能够在免疫能力强的宿主中发生。
机会性感染主要发生在免疫功能低下的宿主中。
真菌感染可以是
局灶性的
系统性的
局灶性感染主要见于皮肤(见 皮肤真菌感染)、口腔（导致口炎）和阴道（即念珠菌阴道炎），局部性感染可发生于免疫受损害和免疫功能正常的患者。
全身性真菌感染可影响皮肤和器官，如肺、眼、肝和脑，通常发生在免疫功能低下的宿主中（见 机会性真菌感染）。
（参见抗真菌药物。）
原发性真菌感染
这些感染常起因于真菌孢子的吸入，引起局灶性肺炎而局灶性肺炎常为感染的最初表现。
在免疫功能正常的患者中，系统性真菌病通常呈慢性病程；播散很少见，而且如果出现肺部病变，通常进展缓慢。多经历数月才会就诊或得以确诊。慢性真菌病症状多较轻，但可有发热、寒战、盗汗、厌食、体重减轻、全身不适以及抑郁等。多个器官可被累及，并产生相应症状和功能失调。
原发性真菌病可有独特的地理分布特征，尤其是由那些双向型真菌所致的地方性真菌病。例如，
球孢子菌病：主要限于美国西南部地区和华盛顿州，以及墨西哥北部、中美洲和南美洲
组织胞浆菌病：主要见于美国东部和中西部，部分中南美洲地区及部分非洲、亚洲、澳洲地区。
芽生菌病：仅见于北美洲和非洲
巴西芽sheng菌病：仅限于南美洲
然而，从传播到感染的潜伏期各不相同，旅行者从流行地区返回后可能会出现症状。
当真菌由肺部病灶向其他部位播散，可出现特征性临床临床表现，例如：
隐球菌病：通常出现慢性脑膜炎
进行播散性组织胞浆菌病：通常累及网状内皮系统（肝、脾、骨髓）
芽生菌病：单个或多个皮肤病灶或累及中枢神经系统、骨骼或前列腺
球孢子菌病：骨和关节感染，皮肤病灶，和脑膜炎
机会性真菌感染
真菌感染的诊断
培养和染色
组织病理学
使用血清学检测（主要用于Aspergillus, Blastomyces, Candida, Coccidioides, Cryptococcus, 和 Histoplasma）
分子诊断
如果临床医生怀疑急性或慢性原发性真菌感染，他们应获得详细的旅行和居住史，以确定患者是否可能暴露于某些地方性真菌，即使暴露是多年前的。
必须将肺部真菌感染与由分枝杆菌（包括结核分枝杆菌）等非真菌生物引起的肿瘤和慢性肺炎区分开来。应该收集标本进行真菌和分枝杆菌培养以及组织病理学检查。可检测痰标本，但有时需要进行支气管肺泡灌洗、经胸肺穿刺甚至手术来获取有价值的检测标本。
引起原发性全身性感染的真菌可以通过其组织病理学外观来识别。但是，真菌的鉴定很困难，通常需要进行真菌培养或分子诊断方可鉴定。
对于人体共生菌如白色念珠菌或存在于环境中的真菌如曲菌而言，Candida albicans痰真菌培养阳性的临床意义不清楚（如Aspergillus ）。 因此，可能需要获得其他证据（如，宿主因素如免疫抑制，血清学证据，活检及放射学所见组织侵犯）以帮助建立一个诊断。
血清学检测可用于评估许多系统性真菌病，如果培养和组织病理学是不可用的或没有揭示，虽然很少提供明确的诊断。其中有价值的检测包括：
检测真菌尤其是 Cryptococcus neoformans, Histoplasma capsulatum, 和 Aspergillus新生隐球菌、组织胞浆菌和曲菌的特异抗原（这些真菌的抗原检测偶尔也会与其他真菌抗原出现交叉反应）
血清(1,3)β - d -葡聚糖，在侵袭性念珠菌病和曲霉菌病以及肺囊虫感染中通常呈阳性
地方性真菌病（组织胞浆菌病、芽生菌病、球孢子菌病）的补体固定和免疫扩散试验
其他检测抗真菌抗体的试验大多敏感性或（和）特异性低，且需要检测急性感染期和恢复期的抗体滴度变化方可提供诊断依据，因此，这些抗体测定对于指导初期治疗作用不大。
分子诊断 是鉴定某些真菌感染分子成分的有用工具。使用培养物样本进行鉴定的 DNA 探针 Histoplasma, Blastomyces， 和 Coccidioides 以及使用血培养样本来识别的聚合酶链反应或 DNA 杂交测试 Candida 可用。在培养标本上做的基质辅助激光解吸电离-飞行时间（MALDI-TOF）质谱也可以用来鉴定多种酵母，包括念珠菌的种类。T2Candida 是一个非文化平台，利用磁共振技术来检测 Candida 直接来自全血的 DNA 可用于念珠菌血症的快速诊断。微生物无细胞 DNA 新一代测序是一项新兴技术，用于检测血液中的多种真菌和其他微生物病原体。
