小肠移植很少进行（如在美国，2021年大约移植96例）。由于继发性胆汁淤积性肝病有新的治疗方法（如富含Ω脂肪酸的鱼油补充剂）和更安全的全肠外营养线放置技术，因此这种方法的使用频率较低。
小肠移植可用于以下情况的患者
由于继发于肠道疾病、有死亡风险的肠衰竭患者，（如腹裂，先天性巨结肠症，自身免疫性肠炎，先天性肠病如微绒毛包涵体病）和肠切除（例如，肠系膜血栓或广泛的克罗恩病）
发展全胃肠外营养治疗肠衰竭的并发症（如继发于胆汁淤积性肝病的肝功能衰竭，反复败血症，静脉通路完全丧失）
局部浸润性肿瘤造成梗阻、脓肿、瘘管、缺血或出血（通常是与家族性肠息肉病相关的纤维瘤）。
(参见移植概述。）
移植步骤
由于小肠可以单独移植，或与肝脏、胃、十二指肠和胰腺一起移植，从脑死亡但有心跳的供者体内采取较困难。活体捐献在部分小肠移植中的作用尚待确定。
程序因医疗中心而异；移植后免疫抑制方案也各不相同，但典型的方案包括诱导抗淋巴细胞球蛋白，随后维持高剂量他克莫司和霉酚酸酯。
小肠移植的并发症
（参见移植后并发症。）
排斥
每周的内镜检查最初用于监测排异反应。在移植后的第一年内，大约30%~50%的受者发生一个或多个回合的排斥反应。常规内窥镜监测无限期继续。
排斥反应的症状和体征包括腹泻、发热和腹痛。内镜可以发现黏膜红斑、脆性增加、溃疡和表皮脱落，病灶分布不均，所以较难发现，根据是否有病毒包涵体可以与巨细胞病毒性肠炎鉴别。活检发现包括绒毛变平和固有层炎症浸润(见表小肠移植排斥反应的分类表现)。
急性排斥反应的治疗方法为大剂量激素和（或）抗胸腺细胞球蛋白。
不同类型小肠移植排斥的症状
排斥类型 | 表现 |
|---|---|
超急性 | 发热、乳酸显著升高 |
加速性 | 发热、腹泻、乳酸升高 |
急性 | 发热、腹泻、消化不良、乳酸轻度升高 |
慢性 | 腹泻、消化不良 |
其他并发症
有50%的患者发生手术并发症，包括吻合口瘘、胆管瘘狭窄、肝动脉血栓和乳糜状腹水。
非手术并发症包括：
移植物缺血
肠道相关淋巴组织移植引起的移植物抗宿主病。
后来发生的淋巴增生性疾病
感染风险增加
小肠移植的预后
单独小肠移植后的1年存活率是
患者：约 65%%
移植物：约 50%
感染通常导致死亡。
在小肠与肝联合移植中，患者的生存率较低，因为手术更加复杂，且患者的身体状况更差。然而，围手术期后，移植物和患者的存活率高于单独小肠移植者，大概是因为移植肝脏有保护作用，通过吸收和中和抗体以防止排斥。
