截肢后，约 60% 的患者有残肢痛，这可能会严重限制功能，损害生活质量，并显著阻碍康复。残肢痛应进行积极的评估和治疗，因为某些原因可能是危险的。（另见假肢学概述。）
幻肢感是一种有益的非疼痛感觉，可改善患者对肢体部位的感觉，但又不同于幻肢痛。
持续性残肢痛是一种慢性疾病，不同于幻肢痛和幻肢感。
残肢痛的原因包括
出现残肢痛的患者应该首先检查有无感染和皮肤破裂的迹象。如果很可能出现感染，要咨询医生。即使没有明显感染征象，如果疼痛剧烈且突然或伴发烧，也应咨询医生；这些症状也可能提示感染。要用溶液清洗或冲洗感染部位。要将死皮移除，并用绷带包扎。可能需要抗生素，有时会进行手术。
手术伤口疼痛通常随组织愈合而消退，通常在 3～6 个月内消退。超过此时间的疼痛有很多病因，包括感染和假肢定制不佳。治疗主要针对病因，也可能包括修正假肢、不使用假肢直到伤口愈合和服用止痛药。
神经损伤引起的疼痛（神经性疼痛）很常见。神经性疼痛通常在截肢后 7 天内发生，通常将其描述为跳痛或灼痛。它可以自行消失，但通常持续很久。它可能是持续和重度，或间歇性疼痛。神经可能由于受伤或在截肢过程中被切断而受损。神经性疼痛的治疗包括心理治疗、物理方法、抗抑郁药和抗癫痫药。
痛性神经瘤（神经组织的非癌性过度生长）可发生在任何切断的神经中（由于手术或外伤引起），并可能引起电击样疼痛、跳痛、刺痛、锐痛和刀刺样痛或针扎样痛。疼痛通常不累及幻肢，但也可能会出现这种情况。神经瘤的其他症状包括没有刺激情况下的不寻常和不愉快感觉，以及残肢肌肉收缩和皮肤轻触时令人不快的感觉（感觉迟钝）。无论是佩戴假肢还是肌肉收缩所致，神经瘤受刺激的时间越长，消退时间越长。医生有时会进行 MRI 和/或超声检查，以确诊神经瘤。严重的神经瘤可能需要手术。
因血液循环不良（外周动脉疾病）而需要截肢的患者的残肢血液循环不良，可能难以诊断。
如果没有导致疼痛的疾病，按摩和轻拍以及抬高残肢可能有助于缓解疼痛。如果这无效，可使用轻度止痛药（如布洛芬或对乙酰氨基酚）。如果疼痛持续，咨询疼痛管理专家可能会有帮助。
有时，会感觉到其他肢体疼痛，或者臀部、脊椎、肩或颈疼痛。这种疼痛是由于穿戴假肢使人改变了走路或支撑身体（身体成直线姿势）的方式，或造成他们重复运动。定期做具体的伸展运动或加强肌肉力量的运动，能帮助预防或缓解这种类型的疼痛。物理治疗师能够帮助设计一种合适的锻炼计划。
幻肢疼痛
大多数人有时会感觉被截肢体处疼痛（幻肢痛）。幻肢痛并非真正的疼痛，疼痛是真实存在的，但是疼痛的位置——肢体已经被截去了。幻肢痛通常在截肢后几天内开始，但可延迟至数月至数年后发生。幻肢痛可能会感觉像刺痛、跳痛、针扎样痛、搏动性痛、灼痛、酸痛、捏痛、夹痛、钳样挤压痛。
截肢后不久，幻肢痛经常是较严重的，然后随着时间的推移而减轻。许多患者没有带假肢时（如夜间），幻肢痛更常见。如果手术中使用脊柱麻醉和全麻，那么幻肢痛的风险会降低。
经皮电神经刺激(TENS)、 针灸和脊髓刺激可缓解疼痛。
幻肢感
大多数人会产生幻肢感觉，即截肢部位仍然存在的感觉。幻肢感不同于幻肢痛。对于夜间上厕所的下肢截肢者，幻肢感可能是一个特别的问题。他们认为自己的肢体仍在原处，并迈出一步且跌倒或导致残肢受伤。
持续性残肢痛
一些接受传统承窝固定假体的人会因出汗和压力/摩擦性溃疡引起的慢性皮肤刺激而出现慢性、反复的残肢疼痛。这会导致对假体的控制减少、功能丧失、独立性降低和生活质量下降。持续性疼痛可影响睡眠、增加压力水平和增加心理健康问题（例如焦虑、抑郁和物质使用障碍）。一些持续性残肢疼痛患者可将传统承窝假体替换为经皮骨整合，后者涉及手术将假体锚定装置植入残肢的骨中。
