核扫描需要使用无害的放射性物质（参见放射性核素扫描）。放射性物质作为食物或水的一部分摄入，或通过静脉注射。这些物质产生的少量放射物用于生成内部结构的图像。
物质进入体内后，医生使用特殊的辐射感测扫描仪或照相机（称为γ射线照相机）显示物质在体内的位置。根据检查的目的以及需要检查的身体部位，使用带有不同核材料的不同扫描类型。
胃排空扫描
进行胃排空扫描，确定胃排空的速度。胃排空功能缓慢的患者患有一种称为胃轻瘫的疾病，可引起恶心、呕吐或少量进食后即感觉饱胀等症状。
为进行扫描，患者摄入含有少量放射性物质的饮料或食物。然后，医生使用γ射线照相机观察放射性物质离开胃的速度。由于这项检查无法显示是阻塞还是胃轻瘫导致胃排空延迟，因此需进一步检查。
该扫描还可以帮助医生监测患者对促动力药物的反应如何。这些药物，如甲氧氯普胺和红霉素，会刺激胃及肠内容物的蠕动。如果患者正在服用阿片类药物治疗疼痛或正在服用改变内容物通过胃部方式的其他药物，则此项扫描的结果可能会受影响。
专科诊疗中心可进行附加检查，以确定食物通过小肠和整个肠道需要多长时间。小肠检查在 2 天内进行，整个肠道检查在 4 天内进行。这些检查对医生怀疑患有重度便秘等消化道运动障碍的患者有帮助。
出血扫描
有时进行出血扫描来确定消化道中出血的位置。
为进行扫描，放射性物质附着在红细胞上或注入血流的其他物质上。γ射线照相机可以显示消化道中的放射性标记细胞漏出肠道的位置，从而提示出血部位。这种扫描主要用于消化道迅速出血的患者以及不适合接受内镜检查或可以确定出血但通过其他诊断性检查找不到出血源的患者。
出血扫描仅在有活动性出血时有作用；如果出血已停止，则无法显示出血位置。
梅克尔扫描
进行梅克尔扫描是为了发现一种被称为梅克尔憩室的小肠疾病。
为进行检查，静脉注射放射性物质。该物质附着在Meckel憩室壁的细胞上，然后使用γ射线照相机便可看见。
